自实验教学示范中心组建以来，不断探求科学的理念和管理机制，优化各实验室资源，在环境工程微生物实验教学方面，以“培养科学精神、传授物理知识、训练实践技能、鼓励探索创新”为教学理念，对环境工程微生物实验教学体系、实验项目、实验方法、教学手段等进行了全面的革新，建立以基础性、提高性、综合与设计性、研究创新型实验为内容的“分层次、分段式”课程体系。使学生掌握研究与应用环境微生物的主要方法与技术，包括经典的、常规的、以及现代的方法与技术，使学生具有适应于从事环境工程科研实践的微生物技术。实验开设项目包括微生物显微观察技术、无菌操作技术、分离纯化技术、纯培养技术及基本的监测检测技术，这部分实验与环境微生物学基础理论课紧密结合，使学生将理性知识与感性认识有机地结合。同时为提高学生的创新和科研分析能力，依托中心平台还开设了包括基于微生物的水体质量评估、空气微生物检测实验、功能基因的PCR扩增、环境微生物代谢指纹图谱建立等综合性设计实验项目。未来还将开设微生物资源化和工程菌株构建等穿新型选修实验，进一步提升学生对环境工程微生物学的科研兴趣和相关问题解决能力。